Der Kanton Basel-Stadt verfügt über das Gesetz über die Begnadigung (Begnadigungsgesetz) SG 258.100 und über eine Begnadigungskommission.
Für die Begnadigung gelten die Vorschriften des Strafgesetzbuches; sie sind auch für Strafen des kantonalen Rechtes anwendbar (§ 1 Abs. 1 Begnadigungsgesetz). Der Grosse Rat entscheidet über Begnadigungsgesuche nach den Vorschriften dieses Gesetzes auf den Antrag der Begnadigungskommission (§ 1 Abs. 2 Begnadigungsgesetz). Die Begnadigungskommission besteht aus neun Mitgliedern des Grossen Rates (§ 2 Abs. 1 Begnadigungsgesetz).
Begnadigungsgesuche sind schriftlich an den Grossen Rat zu richten. Die Präsidentin oder der Präsident des Grossen Rates weist ein eingegangenes Gesuch der Begnadigungskommission zu (§ 3 Abs. 1 Begnadigungsgesetz). Für einen Begnadigungsbeschluss der Kommission sind fünf Stimmen erforderlich. Werden in der materiellen Beratung über das Gesuch verschiedene Begnadigungsanträge gestellt, so ist zuerst der mildeste dieser Anträge ins Mehr zu setzen und nach dessen Ablehnung stufenweise fortzufahren (§ 5 Abs. 1 Begnadigungsgesetz).
Über ihre Beschlüsse erstattet die Kommission dem Grossen Rat Bericht. Der Grosse Rat ist für den Entscheid über eine Begnadigung zuständig. Bezieht sich das Gesuch auf ein Urteil, das eine Freiheitsstrafe von wenigstens einem Jahr verhängt hat, so beschliesst der Grosse Rat über die Begnadigung aufgrund der Anträge, die von der Kommission oder aus seiner Mitte gestellt werden. Liegen verschiedene Begnadigungsanträge vor, so wird hinsichtlich der Abstimmung auch im Grossen Rat nach § 5 verfahren. Wird das Gesuch abgewiesen, so beschliesst der Grosse Rat, ob es vor Ablauf eines gewissen Zeitraumes nicht erneuert werden darf. Bezieht sich das Gesuch auf ein Urteil, das nicht eine in Ziff. 1 bezeichnete Strafe verhängt hat, und hat die Kommission Ablehnung beschlossen, so nimmt der Grosse Rat von dem Beschluss Kenntnis und tritt auf das Gesuch nicht ein. Hat die Kommission Begnadigung beschlossen, so entscheidet der Grosse Rat, ob er diesen Beschluss genehmigen oder die Begnadigung ablehnen will. Ein Begnadigungsgesuch nach Ziff. 1 oder 2 gilt als angenommen, wenn die Mehrheit, die sich darauf vereinigt, wenigstens 40 Stimmen erreicht und mindestens 60 Ratsmitglieder an der Abstimmung teilgenommen haben (§ 6 Begnadigungsgesetz).
Bei politischen Straftaten gelten leicht abweichende Regelungen: Dort steht es der urteilenden Behörde frei, sich über ein Begnadigungsgesuch auszusprechen. Hält sie die Berufung auf die politische Natur einer Straftat für ungerechtfertigt, so hat sie dies zu begründen und ihre Stellungnahme zu erstatten. Die Begnadigungskommission entscheidet über die politische Natur der Straftat, bevor über die materielle Behandlung des Gesuches entschieden wird. Erkennt sie die Straftat als eine politische an, so tritt der Grosse Rat in jedem Falle auf das Gesuch ein, und es sind gegenüber ihrem Antrag auf Begnadigung oder Abweisung andere Anträge unbeschränkt zulässig (§ 7 Begnadigungsgesetz).